Ich denke mal, beide Partitionen müssten sichtbar sein (nicht dass noch eine per Bootdiskette versteckt wurde) und Du müsstest die Boot.ini neu erstellen lassen. Mit der Reparaturkonsole.
Windows mit Windows-CD starten.
r für Reparaturkonsole. Administratorpasswort oder Enter. Du musst stets die eine richtige Startpartition angeben, zuerst die 1 abarbeiten. Und Du musst mit j für Ja bestätigen, mit anschließender Enter-Taste.
Dann der Befehl:
bootcfg /rebuild (Klappert manchmal 20, 40 Minuten oder länger alle Partitionen ab, üblicher Weise geht es aber sehr flott.)
Wenn dann die Partition(en) gefunden ist (sind), wird der Zugang repariert, aber zuvor musst Du noch Fragen beantworten.
Ladekennung: Microsoft Windows XP Professional (oder eine andere passende Angabe)
Ladeoption: /fastdetect (mit Leerzeichen vor dem /, wie bei Parametern üblich)
Dieselbe Prozedur für die zweite Windows-Partition.
Danach exit eintippen und mit ENTER bestätigen!
Je nachdem wie Du installiert hast, liegen die Startdateien boot.ini, ntdetect.com und ntldr für die zweite Windows-Installation auf der ersten Partition! Bei sichtbarer erster Partitionen installiert Windows - wenn es auf einer zweiten hinteren Partition installiert wird - diese Dateien stets ganz vorn.