Da eine Datei, auch wenn sie 0 byte groß ist, immer mindestens einen Cluster belegt
Bei welchen dateisystemen? Bei FAT32 und NTFS jedenfalls nicht. Speicherverbrauch entsteht zwar natürlich auch so, aber nicht zusätzlich bei null byte dateien.
Die maximale "Anzahl an Dateien, ... in einem Verzeichnis" bei FAT32 ist 65534. Das gilt für 8.3-namen, bei längeren sinkt vermutlich die anzahl. Der zusätzliche speicherverbrauch ist minimal.
Bei NTFS kommen noch indizes, protokolldateien und andere, vom system verwaltete bereich dazu (die aber evtl. auch durch die art der erstellung haben stark anwachsen können: "FOR /L %V IN (1,1,100000) DO @copy nullbyte.txt %V.txt>nul").