Den umständlichen systematischen Weg gehen. Erst mal sicherstellen, dass die Partitionstabellen in Ordnung sind, bzw. die Ordnung wieder herstellen.
Mache mal sicherheitshalber erstmal Backups der Partitionstabellen mit ped.exe. Dazu jeweils nur eine Platte als Primary Slave einbauen. Wäre gut wenn Du den PC ohne Seitenwand auf den Tisch stellen könntest. Du brauchst zwei eindeutig beschriftete (Samsung und Seagate) Win98-Startdisketten mit zusätzlich ped.exe drauf.
Nachdem Du das gemacht hast, behandle mal beide Platten, wieder einzeln (!) eingebaut mit Knoppix-Linux testdisk. Lass nicht nur die Partitionierung neu schreiben, lass auch den MBR-Code erneuern.
Im Idealfall würde ich beide Platten als Master (!!) an unterschiedlichen Controlern einbauen. Es lauert aber ein Tücke bei LG-DVD-Brennern: Ein Firmware-Update darf nur mit einem Brenner als Secondary Master erfolgen, sonst werden Festplatten gelöscht. Normaler Betrieb ist aber mit optischen Laufwerken als Secondary Slave sehr gut zu machen.
Partitionstabellen (Einträge für die Primären Partitionen) der Festplatten sichern mit ped.exe, zu finden auf dieser Internetseite (Programmsammlung):
http://home.t-online.de/home/SigiBader/download.html
Das ped.exe-Programm spielt man am besten auf eine Win98 bzw. DOS-Startdiskette auf (soviel Platz ist da noch).
Ped.exe überschreibt auch die Partitionstabelle einer zweiten eingebauten Festplatte, d.h bei eingebauter zweiter Festplatte muss diese genau passen (die korrekte Platte mit unveränderter Partitionierung).
ACHTUNG beim Überschreiben von ped.exe-Sicherungen: Da nur kurz geschrieben wird, fällt es nicht auf, wenn überhaupt nicht geschrieben wird. Es ist UNBEDINGT zu kontrollieren, ob der Schreibschutz an der Diskette zurückgesetzt wurde. Ped.exe ist unzuverlässig bei der Schreibschutzwarnung.
Testdisk startet man von einer Konsole (Muschlesymbol in der Taskleiste) mit dem Befehl sudo testdisk.
www.nickles.de/thread_cache/537826415.html
Ich benutze eine Knoppix-Version 3.3 von Jan 2004.