Ist das rootkit erstmal installiert würde ich IMMER zu einer kompletten Neuinstallation raten.
Die o.a. Tool finden auch nur das bekannte, hat sich wirklich jemand an deinem Linuxrechner zu schaffen gemacht (ich rede speziell von Servern die ständig erreichbar sind), kannst du nie genau wissen was gemacht wurde.
rootkits manipulieren die Prozesslisten, Inhaltsverzeichnisse, Speichernutzung, Prozessorauslastung, Netzwerkeinstellugen... und im schlimmsten Fall alles auf einmal.
Ich habe mir angewöhnt, von den Verzeichnissen die im Pfad stehen und den Verzeichnissen die beim Systemstart durchsucht werden md5summen jeder einzelnen Datei anzulegen. In gewissen Abständen prüfe ich die Dateien dann und sehe genau wenn sich eine Datei verändert hat. - Das ist zwar auch kein Schutz, aber es erschwert schon auf dem Rechner etwas ausführbares zu plazieren.