Dass Programme wie z.B. der Windows-Media-Player automatisch Ordner anlegen, kannst Du nicht verhindern - es sei denn, Du bist in der Lage, Windows umzuprogrammieren. Du kannst aber verhindern, dass in diesen Ordnern automatisch etwas gespeichert wird, indem Du sie einfach mit einem Schreibschutz versiehst. Wenn Adobe, Windows oder wer auch immer dann dort etwas abspeichern will, bekommst Du eine entsprechende Fehlermeldung und kannst selbst entscheiden, ob Du die fragliche Datei woanders speichern oder löschen willst.
Ansonsten habe ich es mit "Eigene Dateien" ähnlich gemacht, wie Olaf19 es vorschlägt. Meine Systempartition ist für Daten, die ich nicht verlieren möchte, tabu. Meine eigenen Dateien speichere ich deshalb auf einer Extra-Festplatte "E:\Eigenes" (eine Extra-Partition tut's natürlich auch). Dem Desktop-Icon "Eigene Dateien" habe ich (Rechtsklick - Eigenschaften - Ziel suchen) als neues Ziel E:\ zugewiesen; Ergebnis: der von Windows angelegte Ordner "Eigene Dateien" bleibt leer, und wenn das System mal crasht (was es bei mir seit über einem Jahr partout nicht will), kann ich mein System bedenkenlos platt machen, ohne die Sorge zu haben, dass meine eigenen Daten hinterher verschwunden sind.
(Um auf Nummer Sicher zu gehen, habe ich die registry so manipuliert, dass auch mein e-mail-Adressbuch, meine e-mails und sogar meine Favoriten auf E:\ gespeichert werden.)