Da ist jetzt wohl einiges durcheinander geraten:
Dateien, die per NTFS-Verschlüsselung gesichert sind, sind auch dann verschlüsselt und nicht einsehbar wenn man mit Knoppix oder anderen Linux-Methoden dran geht. Es ist zwar möglich eine verschlüsselte Datei mit Knoppix o.ä. woanders hinzukopieren, aber das nützt nix, da sie trotzdem verschlüsselt bleibt. Die einzige Möglichkeit, eine solche Verschlüsselung aufzuheben ist, sich als derjenige Benutzer anmelden, der die Datei verschlüsselt hat. Und hier liegt das eigentliche Problem, denn das ist viel einfacher, als die verschlüsselte Datei zu knacken, was auch mit einem schnellen Rechner Wochen und Monate dauert.
Beim Kopieren z.B. auf ein FAT32-Laufwerk ist es auch nicht anders als oben beschrieben. Mit dem falschen Benutzeraccount oder Knoppix kopiert man nur sinnlosen Datenmüll, mit dem richtigen Benutzeraccount (der, der die Datei verschlüsselt hat) wird die Datei automatisch entschlüsselt, wenn man sich auf ein Nicht-NTFS-Dateisystem kopiert.
Bei Dateien die z.B. mit PGP oder Steganos verschlüsselt sind ist die Verschlüsselung unabhängig vom angemeldeten Benutzer, jeder der das Passwort hat kann diese Dateien öffnen.