DSM99 hat recht, so eine dual-Boot-Installation ist mordsmäßig praktisch, nicht zuletzt um Images des jeweils anderen Betriebssystems zu machen: wenn du von der einen Platte gebootet hast, brennst du die andere (zumindest ihre Boot-Partition) schlicht auf DVD, und schon hast du ein Image, das du einfach wieder zurückspielen kannst.
Ich selbst habe sowas mit einer SCSI-Platte und einer UDMA-Platte realisiert, es müßte aber ohne weiteres auch mit zwei UDMA-Platten gehen. Bei der Installation von Windows auf der zweiten Platte mußt du möglicherweise die erste vorübergehend deaktivieren (einfach den Stromstecker ziehen), um auf der zweiten die primäre Partition aktivieren zu können, aber da bin ich nicht ganz sicher.
Nach geschaffter Installation brauchst du nur noch im BIOS anzugeben, von welcher Platte du booten willst, und schon kann es losgehen.
Zu beachten ist allerdings folgendes: wenn du willst, daß eine Festplatte von Windows aus wirklich unsichtbar ist, reicht es nicht, sie im BIOS zu deaktivieren, da Windows mit eigenen IDE-Treibern am Bios vorbei auf die Festplatten zugreift. Für den Zweck, die Festplatte hardwaremäßig trennen zu können, ist Indronils Vorschlag am geeignetsten. Möglicherweise käme auch eine externe Festplatte in Frage, die über USB2.0 oder Firewire angeschlossen wird (bzw. nicht angeschlossen wird, je nachdem, was du gerade vorhast).
Wenn du mit einer externen Festplatte arbeitest, brauchst du allerdings keine zwei Platten, um Windows 98 und XP parallel zu installieren, das geht auch so ohne Probleme. Als erstes Betriebssystem muß Windows 98 in Partition C: installiert werden (98 besteht auf C:, sonst bockt es), danach kannst du Windows XP auf Partition D: derselben Platte installieren. Falls du ein XP-Update hast, schlägt es dir vor, XP in der alten Windows (98) Partition zu installieren, das lehnst du natürlich ab und wählst "Neuinstallation". Dabei installiert Windows XP automatisch ein Boot-Menü, das dir beim Starten erlaubt, wahlweise mit dem alten 98 oder mit XP hochzufahren, und das ohne daß du jedesmal erst ins Bios-Setup mußt.
Langen Postings kurzer Sinn: Zwei Betriebssysteme auf zwei Festplatten sind zwar durchaus sinnvoll, für deine Zwecke reicht es aber vermutlich, Windows 98 und XP auf einer Platte (aber in zwei Partitionen) parallel zu installieren und für sensible Daten eine externe Festplatte zu verwenden, die beim Surfen abgeschaltet wird.