Tja, der Kampf der Giganten - von der Tonqualität her nehmen sich die beiden wenig, obwohl das Creative-Set, wie du schon erwähnt hast, geringfügig besser klingt.
Der Vorteil des Logitech Z-680 besteht darin, dass es bei einer digitalen Verbindung weniger Kabelsalat gibt und neben Dolby Digital auch DTS (ein anderes Tonformat, etwas besser als Dolby Digital) unterstützt wird - dies kann dir das Creative-Set nicht bieten, auch nicht in Verbindung mit einer hochwertigen Soundkarte, da diese bisher grundsätzlich kein DTS unterstützen. Zudem hast du eine größere Anschlussvielfalt - es lassen sich zumindest drei Geräte auf einmal an dem Set betreiben, da es neben dem 6-Kanal-Eingang eben auch noch zwei digitale Anschlüsse hat.
Für das Creative- wie auch für das Logitech-Set reicht eine AC97-Onboard-Soundkarte theoretisch aus, praktisch wirst du damit aber keine Tonqualität erreichen, die dir eine richtige Soundkarte bieten kann, weshalb du zur Audigy greifen solltest.
Für deine Zwecke reicht übrigens das Vorgängermodell der Audigy 2 vollkommen aus, du kannst hier also etwas Geld sparen. Die Audigy 2 unterscheidet sich von der Audigy daduch, dass sie ein THX-Zertifikat hat (hätte die Audigy wahrscheinlich auch, nur wurde dies nicht beantragt) und zudem 7.1 Sound (in Form von Dolby Digital EX) unterstüzt - damit können die beiden Boxensets aber nichts anfangen, weshalb es nicht als Argument gelten kann.
Bleibt noch die Frage nach dem richtigen Boxenset, die kann ich dir nicht wirklich abnehmen. Ich persönlich würde zu dem Logitech Z-680 neigen, da es billiger zu bekommen ist und sich universaler einsetzen lässt.