Low-Level-Formatieren solltest Du nur wenn die Festplatte immer wieder Probleme macht, mit ScanDisk (Chdsk) oder beim Defragmentieren hängenbleibt. Allerdings ist dann mehrfaches Umformatieren eher wirksam.
Wenn die Platte hin und wieder nicht startet, weil sie die Betriebssystempartition nicht findet, ist eher killmbr angesagt; überhaupt würde ich killmbr immer fleißig einsetzen. Anderseits würde ich, wenn die Installation steht den MBR (die Partitionstabelle) sichern.
In beiden Fällen sind die Daten auf der Festplatte futsch. Das könnte bei Recovery-CDs ein Problem sein, denn die verlangen nach Daten auf der Festplatte.
http://www.freenet.de/freenet/computer/betriebssysteme/windows_9x/win_me/
Den MBR säubern mit dem Tool killmbr der Zeitschrift ct.
http://www.heise.de/ct/ftp/result.xhtml?url=/ct/ftp/ctsi.shtml&words=killmbr
Anders als bei FDISK hat die erste Festplatte die Nummer 0 (Null), die zweite Festplatte heißt 1!!!
Partitionstabellen der ersten Festplatte sichern mit ped.exe, zu finden auf dieser Internetseite (Programmsammlung):
http://home.t-online.de/home/SigiBader/download.html
Das ped.exe-Programm spielt man am besten auf eine Win98 bzw. DOS-Startdiskette auf (soviel Platz ist da noch).
Achtung bei der Reparatur, erst fdisk /mbr (bzw. entsprechendes Tool für WinXP) durchführen, dann die Sicherung aufspielen.
Im MBR werden nur die Einträge der Primären Partitionen gesichert!