Vergiß nicht den Windoofs Scripting Host zu installieren! Leg eine Textdatei an und gib ihr die Endung .vbs. Der Inhalt sollte in etwa so aussehen:
Option Explicit
'On Error Resume Next
Dim WshShell
Set WshShell = WScript.CreateObject("WScript.Shell")
WScript.Sleep 5000 ' Wait for 5 seconds
WshShell.Run "C:\eine\Datei\ausführen.exe"
Set WshShell = Nothing
WScript.Quit
Dann legst Du noch einen Link im Autostart-Ordner ab und die Sache läuft. Das ist natürlich nur eine stark vereinfachte Version - mehr konnte ich Deiner Beschreibung leider nicht entnehmen. Besuch doch mal http://dieseyer.de/
P.S.: Falls die Fehlermeldung "Das System kann die angegebene Datei nicht finden." erscheint, denk mal scharf nach, was schief gelaufen ist!