Hi bilibi!
In der noch aktuellen Ausgabe der c't (ab Montag gibt's die neue), ist ein ganzer Artikel zum Thema "Win98 fährt nicht runter" enthalten. leider scheint's keine Pauschallösung zu geben, auch das Shutdown-Update von MS hilft nicht in allen Fällen.
Falls du die Möglichkeit hast, dann wirf einen Blick in den Artikel. Dort werden verschiedene Möglichkeiten gezeigt, die man testen muss. Evtl. ist ja etwas dabei, was bei dir funktioniert.
Der Artikel ist leider nicht online. Evtl. kann dir aber auch schon die Hinweise in der c't FAQ einen Tipp geben. Mit dem folgenden Link, gibt's eine kurze Übersicht zum Thema:
http://www.heise.de/ct/faq/search.shtml?T=windows+98+shutdown
Ich hoffe, das hilft dir weiter.
Bis denn
Andreas