Klar, wenn ich Dich richtig verstehe willst Du die (von Anfang an)kaputte Partition killen, auf der liegen aber Deine Boot-Dateien.
Außerdem liegt die Partition gleich am Anfang der Platte, wo sie ja auch hingehört!
Besorge Dir einen Partitionsmanager wie Partition Magic 6.0 (der kostet Geld, vielleicht gibt's auch gute Shareware alternativen - weiß ich nicht), und schiebe die kaputte Partition auf der Platte 'nach hinten' oder lösche sie gänzlich. Dann legst Du 'vorne' einen neue Partition an, auf der Du -wie bei einem ansonsten jungfräulichen System- Win2k installierst. Dieses legt nun gleich den Bootsektor, boot.ini, etc. an und Du hast, nachdem Du die anderen Partitionen schön die boot.ini angepasst hast auch per Bootmenue gleich vollen Zugriff auf die anderen (NT- oder 2k) Partitionen.
Schwieriger wird's jedoch, wenn Du die 2k Partition ganz löschen und eine der anderen stattdessen zum booten benutzen willst. Dann würde ich versuchen(kann ich aber nicht garantieren) wie gehabt die erste Partition mit Partition Magic zu löschen und dann die gewünschte Bootpartition 'nach vorne' zu schieben. Danach mit der bootfähigen Win2k-Install-CD reparieren lassen (in der Hoffnung er erkennt diese), und dann weiter vorgehen wie bereits geschrieben!
Viel Spaß :-)