Ich kann nur vage Vermutungen anstellen, und auch auf die Gefahr hin, dass ich Dir Dinge sage, die Du schon weisst:
1. Wenn das System nach Einbau der zweiten Platte nicht weiterbootet, dann ist sehr wahrscheinlich etwas mit der IDE Verkabelung nicht sauber. Es hoert sich so an, als wuerde das Board ewig nach der Platte scannen. Manchmal kann man mit F4 abbrechen, bzw es geht nach schier endloser Zeit doch weiter - jedoch ohne erkannte Platte. Hattest Du sie an einem anderen Port, als sie formatiert wurde ? Versuch da mal verschiedene Kombinationen,
2. Wenn beide Platten an einem Kabel haengen, muss eine als Slave, die andere als Master gejumpert werden. Ich habe immer beide Platten an einem Port, am anderen Port das CD-ROM als Master.
3. Im Bios sind beide Ports aktiviert ? (Falls die Platten an verschiedenen haengen)
3. Win98 mag es bei der Installation schon ein Win98 auf irgendeiner Platte findet - scheint nicht das Problem zu sein, denn so weit bist Du noch gar nicht. Ich klemm dann einfach die schon installierte Platte ab.
4. Eine Partition muss fuer die Installation aktiviert sein (weisst Du vermutlich auch).
Alles in allem: Je praeziser Deine Fehlerbeschreibung, desto eher kann man das Problem finden.
Tip: Es geht uebrigens prima, in Win98 diejenige Platte zu spiegeln, von der man gerade nicht gebootet hat (Versteckte Files anzeigen lassen). Man kann sich wohl auch die Installation auf der zweiten Platte sparen, wenn man mit einem geeigneten Tool das Abbild der ersten auf die zweite uebertraegt.