So weit ich weiß ist das normal und kein Bug.
Bei Windows 98 lag die Datei msconfig.exe im Windowsordner.
Und wenn man einen Befehl/Dateinamen unter 'Ausführen' eingibt, dann wird nur der Windowsordner (und bei den alten Windowsversionen, die auf DOS aufbauen, auch der Commandordner) danach durchsucht.
Bei XP liegt msconfig nicht direkt im Windowsordner, sondern irgendwo tiefer und wird deshalb nicht direkt gefunden.
Deshalb verschiebe ich nach einer XP-Neuinstallation immer direkt die msconfig.exe ins Windowsverzeichnis.
Ich glaube nicht, dass irgendwas beschädigt wurde.
Vermutlich hast du früher mal nach der Datei suchen lassen. Sie wurde gefunden und der Ort gespeichert. Vielleicht wurde nach dem Update diese Information gelöscht.
Aber Dramatisches ist nicht passiert, das glaube ich eher nicht.