Moment mal - ich habe das Gefühl, dass deine Vorstellung vom Backup sehr lückenhaft ist.
Das, was du vorhast, ist absolut kein Backup - du willst ja lediglich Bestandteile verschieben und von dort aus damit weiterarbeiten. Das heißt: ob dein Windows auf C: oder auf E: irgendwann mal den Geist aufgibt, ist völlig egal. Die auf E: liegenden Systembestandteile gehören zu einem vermurksten Windows und somit 'eh nicht mehr zu gebrauchen. Es gibt in beiden Fällen kein Backup, welches zurückgespielt werden könnte.
Bei einem "Backup", so wie du es dir vorstellst, müsstest du die Ordner kopieren, nicht aber verschieben.
Du wirst sie aber NIE verwenden können, wenn du Windows neu installiert hast und mit den alten Benutzereinstellungen versehen willst. (Erspar mir bitte an dieser Stelle, dir zu erklären, weshalb das nicht geht - vom Hintergrundwissen ist das Thema dafür zu komplex).
Wenn du Einstellungen sichern willst, gehe auf "Start -> Zubehör -> Systemprogramme -> Übertragen von Dateien und Einstellungen".
Dort kannst du dein "Backup" machen und für den Fall einer Neuinstallation wenigstens einen Teil deiner alten Konfiguration ins neue Windows übernehmen.
Es bringt auch nichts, die auf Windows installierten Programme vom Betriebssystem getrennt backuppen zu wollen, weil sie zu sehr miteinander verzahnt sind.
Warum? Weil die meisten Programme während ihrer Installation nicht nur ihren eigenen Programmordner anlegen, sondern auch Dateien in Windowsordnern (z.B. Windows\System32) unterbringen. Außerdem werden sie in der Registry eingetragen - dort wird z.B. ihr Startverhalten festgelegt und wo die dazu notwendigen Treiber, Daten und weiß der Henker, was noch alles auf der Festplatte liegen. Wenn du also ein nicht mehr sauber arbeitendes Windows irgendwann mal durch ein "Backup" wiederherstellen willst, musst du diese aufgesplitteten Backupbestandteile sowieso wieder zusammenführen, weil alles andere das reinste Chaos bewirken würde. Im aller-allergünstigsten Fall hast du dir "nur" jede Menge überflüssige Arbeit gemacht.
Noch heikler wird es mit den Bootdateien - sie MÜSSEN auf einer ganz bestimmten Stelle auf der Festplatte liegen. Liegen sie auch nur um einen Sektor verschoben, geht gar nichts mehr.
Ein Backup, so wie du es planst, lohnt sich wirklich nur für deine Daten.
Gruß
Shrek3