Ich nehme an, dass Du Win ME komplett neu installieren möchtest.
Hierfür machst Du Dir in der Systemsteuerung unter Software eine Startdiskette mit CD Unterstützung. Mit dieser Startdiskette bootest Du (Bootreihenfolge im Bios auf Laufwerk A: ändern).
Auf der Startdiskette befindet sich auch der format Befehl. Damit kannst Du deine Partitionen frisch formatieren. Anschließend installierst Du Win ME mit der InstallationsCD neu. Falls Du eine Update Version hast, lege eine ältere Win 98 CD bereit, die im Verlauf verlangt wird, um die Update Prüfung durchzuführen.