Ob es überhaupt mit TuneUp Utilities etwas zu tun hat, kann ich dir nicht sagen - schließlich verliert Windows seine Ordnersymbole auch aus anderen Gründen.
Eine grundsätzliche Anmerkung: Wenn du schon zu Tuning-Programmen greifst, solltest du die jeweils aktuelle Version nehmen.
TuneUp 2012 ist im Jahr 2011 herausgekommen - dein Windows 7 aber auf den Stand von 2014, falls du alle Windows Updates aufgespielt hast.
Mit anderen Worten - je nachdem, was du das Programm machen lässt, hinkt das Programm der Realität hinterher, was zu höherer Fehlerrate führen kann.
Da TuneUp über ein sogenanntes Rescue Center verfügt, könntest du alle Änderungen, die TuneUp durchgeführt hat, rückgängig machen.
Begrenze den Zeitraum der Rückgängigmachung bis zu dem Zeitraum, an dem deine Ordnersymbole verschwunden waren - du hattest ja hier schon von verschwundenen Ordnersymbolen berichtet:
http://www.nickles.de/thread_cache/539047390.html
Gruß
Shrek3