Der Store ist nur eine Art "Verteilzentrum", die dazu dient, Software inklusive der Aktualisierungen aus einer zentralen Quelle und "sicher" zu beziehen ähnlich wie bei den Android oder iPhones. Unter Linux ist das schon lange üblich mittels Paketverwaltung, auch wenn sich das nicht direkt vergleichen lässt.
Unterschiede zwischen der Software direkt vom Anbieter zu der aus dem Store dürfte es nicht geben und es wird inzwischen Sachen geben, die sich nur noch über diesen beziehen lassen genauso wie Software, die es im Store nicht gibt. Für viele ist es sicher einfacher, dort einfach das gewünschte Programm auszuwählen und sich keine Gedanken um das Installieren machen zu müssen. Grundsätzlich zöge ich jedoch den Weg des Downloads beim Hersteller vor, dann musst Du Dich eben um die Updates selber kümmern, aber das mag jeder selbst entscheiden.
Da es unter Windows aus meiner Sicht schon durch die Vielzahl der Software auf lange Sicht keinen einheitlichen Weg geben wird für den Bezug von Software, bleibt dieser Wildwuchs vermutlich auch noch lange Zeit.