Womit hast du es versucht??
Mit der von mir genannten methode kannst du schneiden, was und wie du willst. Die einzigste Einschränkung ist halt, daß man den Anfangsschnittpunkt formatbedingt halt nur an ein I-Frame setzen kann und den Endpunkt nur an ein I oder P-Frame. Möchtest du an jedem Bild schneiden, gibt es entweder an den Übergängen Datenmüll, oder es muß das entsprechende Stück neu Encodiert werden. Das kann z.B. das Programm Cuttermaran mit TmpgEnc zusammen. Dann werden nur die entsprechenden GOPs an den Schnittpunkten neu Encodiert. Es reicht aber eigentlich immer aus, wenn man den Anfangspunkt am I-Frame setzen kann.
Aber klär mich mal auf, womit du die vob schneiden wolltest, dann kann ich dir vielleicht sagen, was da schief lief.