Wenn Du eine vorgegebene TMPGEnc-Vorlagen verwendest, dann sind in deren Setup-Daten die diesbezüglichen Dinge schon ausgewählt und leider nicht mehr veränderbar. Aber es gibt auch eine Vorlage "unlock.mcf". Dann kann man alle Daten nach eigenem Geschmack selber eintragen bzw. auswählen. Dafür sollte man aber doch schon eine gewisse Vorstellung haben, welche Einstellung was bewirkt.
Für den totalen Anfang, am besten die Daten der z.B. MPEG1-Vorlage (auf PAL achten, nicht die NTSC-Fernsehnorm wählen!) abschreiben, dann die unlock.mcf laden und diese Daten dort eintragen, abspeichern unter einem neuen Namen. Nun kann man nach Herzenslust rumspielen.
Dazu am besten einen repräsentativen Ausschnitt eines Videos von ein, zwei Minuten Länge zurechtschneiden, denn das Konvertieren und Bearbeiten eines längeren Videos dauert dann auch sehr lange. So hat man sehr fix das Ergebnis.
Was Deine "langen Gesichter" angeht, eine der auswählbaren Optionen betrifft das Seitenverhältnis (aspect ratio), für das es eine eigene Auswahl gibt. Für eine normale Darstellung sollte "4:3" eingestellt werden.
Für die Größe der bearbeiteten Datei ist insbes. die Angabe der horizontalen und vertikalen Pixel und auch die fps (frames per second) von Bedeutung. Die haben zwar wenig mit der optischen Qualität zu tun, doch wenn man ein Video von 320x240 Pixel auf 720x576 Pixel hochrechnet, dann dauert das erstens affig lang und die Dateigröße nimmt dramatisch schnell zu. So kann man beliebig große HDs problemlos mit nur einer Datei füllen. Aussehen tut´s eventuell dann noch schlimmer als vorher.
Gehe davon aus, daß Du zig Versuche benötigen wirst, bis ein Setup das Ergebnis bringt, das Dir in etwa vorschwebt. Deswegen einen Ausschnitt nehmen, nicht das ganze Video. Wenn´s doch wieder Käse war, kann es schon nach 10 Minuten weitergehen, nicht erst nach 10 Stunden.