Grundsätzlich wohin Du willst, am sinnvollsten ist wohl der "Eigene Musik" Order in Deinem Benutzerkonto. Anschließend öffnest Du iTunes, und - falls er die Musik nicht schon von selbst eingeordnet hat - Klickst Du oben im Menü auf "Ordner zur Mediathek hinzufügen" und wählst den "Eigene Musik"-Ordner aus.
Die Verknüpfungen, was dann mit dem iPhone synchronisiert wird musst Du sowieso wieder neu einrichten, dazu steckst Du das iPhone am PC an und klickst drauf wenn es in der Leiste links angezeigt wird. Dann zeigt Dir iTunes eine Übersicht mit Seriennummer usw. Deines iPhone. Und oben darüber hast Du jetzt mehrere Karteireiter, in denen Du einstellen kannst, welche Daten des PCs mit dem iPhone synchronisiert werden. (Kontakte, Musik, Filme usw.)
PS: Festplatten können aufgrund ihrer komplizierten Mechanik jederzeit ausfallen, und auch sonst kann es Situationen geben die eine Neuinstallation des Betriebssystemes erfordern. (z.B. Trojaner) Denk mal über eine Datensicherung nach, sonst hast Du denselben Zirkus beim nächsten Mal wieder.