Deine Annahme ist glücklicherweise falsch. Natürlich muß überhaupt nichts auf der Platte drauf sein, im Prinzip nicht mal eine Partition (die das Setup im Verlaufe der Sache ggf. neu anlegt).
Wie gehst Du vor? Strom ein, W2K-CD einlegen (setzt freilich bootfähiges CD-Laufwerk voraus, sonst die Startdisketten), Setup startet automatisch, der Rest nach den Bildschirmmeldungen. An welcher Stelle des Setuppens kommt denn die Meldung? Könnte eigentlich erst nach Beendigung des ersten Teiles der Installation auftreten, wenn der Rechner neu bootet, um den Rest (die 2. Hälfte) der Installation vorzunehmen, oder, wenn auch diese beendet ist und nun eigentlich das Füllen mit Programmen kommen soll.
Fies wäre, wenn das Laufwerk, das das W2K-Setup eigentlich als Start-Bootlaufwerk verwenden will, nach der Installation beim Neustart vertauscht wird. Das müßte dann aber trotzdem auf C: sein, d.h. auf C: wären mind. 2 Partitionen. Oder Du verwendest nicht den W2K-eigenen Boormanager, sondern einen anderen, der die Laufwerksbuchstabenreihenfolge verändert.
Also: wann genau kommt "NTLDR fehlt"?