Würde sagen Partition Magic den Bootmanager installieren und die Partitionen einrichten. Die anderen Partionen verstecken, jedenfalls alle Win98 Partitionen. Wenn von Win98 auf Windows 2000 zugegriffen werden soll bleibt nur FAT oder FAT32. Win2000 kann nachträglich in NTFS geändert werden. Partitionen sollten mit den Win98 Partitionen beginnen hinten kann Windows 2000. Nach und nach die Partitionen sichtbar machen und installieren. Kann sein das Win2000 den Bootmanager von PM killt, d.h. bin mir da ziehmlich sicher, also nochmal nachbessern.
Viel vergnügen. Denk auch an die Datensicherung so ein System zu restaurieren ohne Sicherung da geht viel Zeit drauf.