Erst mal, der Netzteillüfter wird immer ausblasen. Wenn Du weitere Lüfter einbaust, die ausblasen kann es ev. sein, dass wegen des Unterdrucks zu wenig Luft durchs Netzteil zieht. Deshalb brauchen ausblasende Lüfter auch stets genug Öffnungsfläche, notfalls würde ich unten hinten Slotbleche rausbrechen.
Unterdruck im Gehäuse ist ev. günstig für Festplatten, vor allem solche im Wechselrahmen oder - besser - bei trägerlosem Wechselrahmen. Wenn man dann unter dem Wechselrahmen einen 5,25 Schacht frei lässt und in dessen Blende Löcher bohrt (5 x 1cm), dann wird die heiße Festplattenunterseite ausreichend gekühlt, ganz ohne extra-Lüfter, der Lärm macht und ev. die Festplatte mit Vibrationen belastet.
Andererseits wirst Du mit ausblasenden Lüftern vor allem mit Staub zu kämpfen haben und viele Gehäuse sind auch so löcherig, dass sich kaum Unterdruck und damit gezielte Luftführung aufbauen lässt (ev. mit Kork auskleben??). In dem Fall sind einblasende Lüfter, ev. mit Filter, besser.
Den größten Luftdurchsatz bekommst Du ohne Druckgefälle hin, also mit gleichstark einblasenden und ausblasenden Lüftern. Ev. liegen dann aber heiße Bauteile etwas abseits vom Schuss.
Die problemloseste Methode ist eben ein kräftiger ausblasender Lüfter. Etwa ein Netzteil mit 12-cm-Lüfter im Netzteilboden, am besten ungeregelt. Bei Monstergrafikkarten würde ich ein Towergehäuse vorsehen und ganz oben noch einen ausblasenden Lüfter einbauen. Luft einströmen sollte unten, sowohl hinten wie auch vorn.
Ob Du hinten hinter dem Mainboard ausblasen oder einblasen lässt hängt ganz vom Einzelfall ab. Wenn das Netzteil die Lüftung weit runterregelt und zu heiß wird, würde ich einblasen. Andererseits würde ich bei einer heißen Grafikkarte eher ausblasen, um die heiße Grafikartenluft schnell herauszubekommen. Bei Grafikkarten mit Lüftergehäuse natürlich irrelevant.
Letzlich muss der PC auch mal ohne Seitenwand laufen um die Heftigkeit der Wärmeentwicklung verschiedener Bauteile abzuchecken. Und später bei geschlossenem Gehäuse sollten die Temperaturen ausgelesen werden. Festplatten dauerhaft nicht über 45°C und kurzzeitig (Std. defragmentieren) nur so etwa 50°C. An den Sommer denken, Reserve vorhalten!
Platz für Wechselrahmen und Kühlung
neun (!) 5.25 Zoll Schächte
Übrigens, eine gut gekühlte CPU zieht weniger Strom, als eine die heiß wird.