würde als erstes nachschauen, ob deine festplatte mit windows drauf im BIOS richtig erkannt wird. bzw ob alles korrekt konfiguriert ist. wenn da alles stimmt ists eventuell n hardware problem.
würde dann empfehlen, erst mal die IDE kabel auf korrekten sitz zu überprüfen und auch die jumper einstellungen von deiner festplatte (bzw wenn du mehrere hast ob master/slave richtig zugeordnet ist)
wenn du mich fragst ist das aber mit ziemlicher sicherheit ein windows problem. wenn du windows nach dem hardware umbau nicht neu installiert hast, dann sind noch immer die alten mainboard treiber installiert. die musst du zuerst löschen, bevor das windows richtig booten kann und das neue board erkennt. ansonsten arbeitet des windows immer mit den alten treibern bzw es entstehen konflikte zwischen alten treibern und der hardware erkennung des neuen boards.
am saubersten ist es auf jeden fall windows neu zu installieren, wenn es kann gut sein, dass man die mainboard treiber des alten boards nicht vollständig entfernen kann und es dann wieder konflikte gibt mit den "rückständen".