Die beiden Konten unter einen Hut bringen wird warscheinlich nicht gehen.
Bei einem POP3-Konto werden normalerweise die eMails auf den Rechner runtergeladen und auf dem Server gelöscht. Das Ergenbniss hast Du ja bereits erlebt. Du könntest Outlook nun so einstellen, daß die Mails auf dem Server nicht gelöscht werden, hast dann aber das Problem, daß die Mails dann evtl. auf beiden Windowsversionen gespeichert sind und auch da wieder getrennt gelöscht werden müssen.
Was aber gehen könne:
Falls Dein eMailkonto sich von POP3 auf IMAP umstellen lässt, bleiben die eMails auf dem Mailserver bis sie gelöscht werden. Outlook schaut sich die Mails online an, egal auf welchem Windows das geschieht. Egal unter welchem Windows Du nun eine Mail löscht, sieht das andere Windows die Mail nicht mehr auf dem Mailserver.
Ich persönlich habe mehrere Rechner im Netzwerk, aber nur einer darf eMails abholen. Das ist aber natürlich nicht jedermans Sache.
Gruß Alois