Zu der - sicher irritiernden - Fehlermeldung "... unter dem Namen ... kann nicht umbenannt werden":
Dieses Verhalten rührt zunächst daher, dass Excel (wie auch andere Anwendungen) beim Speichern wie folgt vorgeht: Die Datei wird zunächst temporär tatsächlich unter einem anderen - bei Excel scheinbar beliebigen - Namen im selben Verz. gespeichert, was du bei entsprechend großen Dateien im Explorer auch direkt beobachten kannst. Erst wenn dieser Vorgang erfolgreich abgeschlossen ist, wird sie in den eigentlichen Namen umbenannt (zuvor ist ein ggf. existierendes Original gesperrt). Mit dieser Vorgehensweise wird i.W. möglicher Datenverlust (bei zuvor existenten Dateien) verhindert, falls es direkt beim Schreiben auf Platte z.B. zu einem Stromausfall kommt.
Gründe, weshalb der Vorgang insgesamt nicht sauber abgeschlossen werden kann, kann es viele geben. Die extremsten Erlebnisse kenn ich von Netzlaufwerken (NTFS) mit ziemlich komplizierten Berechtigungsstrukturen für versch. User(gruppen).
Natürlich ist es zumindest Nachlässigkeit der MS-Entwickler, die armen User mit solchen (prinzipiell vorhersehbaren) Fehlermeldungen zu "beglücken". Unschön ist daneben, dass Excel bei "Speichern unter" immer auf den Standardpfad wechselt und den Standard-Blabla-Name vorschlägt.
Immerhin lässt sich eine solche "hängen gebliebene" Temporärdatei i.d.R. problemlos öffnen. Das BS erkennt selbst, welche Anwendung dafür benötigt wird (was übrigens auch der Fall ist, wenn du z.B. eine *.xls in *.doc umbenennst oder umgekehrt. Obwohl im Explorer dann als der umbenannte Typ angezeigt, wird die richtige Anwendung gestartet).
Wie du dein Ausgangsproblem lösen kannst, weiß ich auch nicht. Wenn überhaupt, dürfte dies nur global möglich sein, nicht für eine best. Mappe. Es könnte dafür einen (undokumentierten) Registry-Eintrag geben.
Das Beste wird sein, mittelfristig für Versionsgleichheit zu sorgen und einstweilen mit der lästigen Nachfrage zu leben. Ich glaube nicht, dass man so ohne weiteres sagen kann, dass wirklich nichts verloren gegangen ist.