Eins vorweg: du vertust dich mit der Zuordnung der SATA-Anschlüsse, das geht nicht nach der Farbe, sondern nach der Position (Siehe dazu Seite 2-3 deines Motherboard-Handbuchs; falls du das noch nicht hast, hier herunterladen). Wie du der Spezifikation des Boards entnehmen kannst (Seite xi ff des Handbuchs, oder hier bei Asus), gehören die sechs SATA-Anschlüsse rechts unten auf dem Board zur Southbridge (was du als Controller 1 bezeichnest, hört auf den Namen ICH8R), auch die beiden schwarzen! Zum JMicron-Controller gehören der IDE-Anschluß, der einzelne SATA-Anschluß neben dem oberen PCIx16-Slot und der E-SATA-Anschluß (rückwärtiges Anschlußfeld, oberhalb der Audioein/ausgänge). Der einzelne schwarze SATA-Anschluß, der funktioniert, dürfte der vom JMicron sein, vermute ich mal.
Den Grund für dein Problem vermute ich darin, daß Intel die Möglichkeit bietet, die SATA-Anschlüsse verschieden zu konfigurieren, darunter im IDE-Modus (wobei mir ehrlich gesagt nicht klar ist, was die damit meinen) und im RAID-Modus. Näheres findest du auf den Seiten 2-27, 2-28 und 4-16 ff (Konfiguration im Bios) des Handbuchs. Im standardmäßig eingestellten IDE-Modus werden die vier roten Anschlüsse als Master ("für Boot-Laufwerke", lt. Handbuch), die beiden schwarzen als Slave betrieben ("für Datenlaufwerke"). Das könnte bedeuten, daß in diesem Modus die SATA-Laufwerke als IDE 1 bis 4 Master (rot) und IDE 1 und 2 Slave (schwarz) deklariert werden.
Eine andere Möglichkeit wäre - immer für den Fall, daß die SATA-Anschlüsse im IDE-Modus konfiguriert sind - daß die beiden schwarzen (Slave) Anschlüsse tatsächlich nicht im Bios auftauchen, sondern erst von Windows aus über die Chipsatz-Treiber von Windows angesprochen werden können, was ich allerdings für unwahrscheinlich halte. In diesem Fall müßten Festplatten, die dort angeschlossen sind, in der Datenträgerverwaltung von Windows auftauchen.
Wahrscheinlich kannst du dieses Verhalten ändern, indem du im Bios-Untermenü "IDE Configuration mit der Option "Configure SATA as" experimentierst (Handbuch S. 4-14). Dann sollte es möglich sein, die SATA-Platten unabhängig voneinander zu betreiben, wie sich das gehört (nix mit Master und Slave).
Ich kann nur vermuten, daß Asus dem SATA-Controller eine Verkleidung als IDE spendiert hat, um mit älteren Programmen klarzukommen, die partout einen IDE-Controller erwarten. Wie auch immer, berichte mal, ob dir meine Vorschläge weitergeholfen haben, von so einem Problem höre ich zum ersten mal.
HTH