Also der Fehler mit der Datei, das Nichtstarten von WinXP und der Fehler beim Erkennen der Festplatte scheinen zusammenzuhängen.
Ein Virus ist es garantiert nicht, denn das kann die ständig geöffnete Registry gar nicht angreifen (blockiert WinXP), geschweige denn, sich in den Bootsektor einnisten (blockieren WinXP und BIOS). Ein Virus, dass die Bootkonsole verwendet, um die Registry zu schädigen, hätte sich an einem unerwarteten Erscheinen der Konsole beim Start bemerkbar gemacht - zumal ich kein so ultramäßig ausgeklügeltes Virus kennen würde.
Dass du nicht mit Diskette an das CDROM-Laufwerk kamst, liegt wohl eher daran, dass auch von XP erstellten Bootdisketten kein CDROM-Treiber vorhanden ist.
Die Batterie kann zwar tatsächlich leer sein, aber eher unwahrscheinlich, da dann per Default-Konfig keine Probleme auftreten dürften. Wenn XP nur bis zum Begrüßungsbildschirm kommt, bleibt es wahrscheinlich beim Laden von IDE- oder Dateisystemtreiber hängen. Zusammen mit den anderen Symptomem würde ich sagen: IDE-Controller oder Festplatte.
Klemm mal die Festplatte ab und versuche dann nochmal die Auto Detection sowie das Booten von CD. Umgekehrt kannste auch mal das CDROM abklemmen - defekte Geräte am IDE-Bus behindern andere bei der Erkennung. Der BIOS-Eintrag ist übrigens nicht verschwunden, er erscheint vermutlich gar nicht richtig, weil er beim Initialisieren des IDE-Controllers wohl schon hängenbleibt - das muss nicht unbedingt am Controller liegen, sondern kann auch an Platte/Cdrom hängen.
Also, erst mal die Geräte nur einzeln anschließen - wenn eins funktioniert und das andere nicht, hast du die Ursache gefunden. Ansonsten ist entweder IDE-Controller oder ein anderer Teil des Boards im Arsch.