Du musst Putty nicht unbedingt von der Kommandozeile aus starten. Wenn du Putty über sein Icon startest, dann öffnet sich ein Dialogfenster, in dem du alle Eingaben (Nutzername, Adresse des Zielrechners etc.) vornehmen und abspeichern kannst. Den Verbindungstyp solltest du auf jeden fall von "Telnet" auf "SSH" setzen. Wenn du dich, wie von XPectIT empfohlen, als "root" einloggen willst, musst du vorher noch sicherstellen, dass der root-Zugriff via SSH auf der Linux-Maschine auch aktiviert ist. Dazu muss in der Datei "/etc/ssh/sshd_config" der Eintrag "PermitRootLogin" auf "yes" stehen.
Yast oder Yast2 lassen sich, sobald du auf dem Linux-Rechner eingeloggt bist, durch Eingabe von "yast" bzw. "yast2" auf der Kommandozeile starten.
Du kannst auf deinem Windows-Rechner im Übrigen auch einen X-Windows Client installieren, wie z.B., das leider kostenpflichtige, XWin32. Du musst dann in den Einstellungen von Putty nur noch das "X11 forwarding" aktivieren und kannst von da an sogar grafische Oberflächen wie KDE auf deinen Windows Desktop umleiten.
Wenn es dir nur um die Fernadministration des Linux-Rechners geht, solltest du vielleicht mal einen Blick auf Webmin (http://www.webmin.com/) werfen, das die nahezu komplette Administration über einen Webbrowser erlaubt.