Das ist ja nun seltsam 8-)
Nichstdestotrotz musst du sichergehen, dass du auch XFree86 4.0.3 benutzt. Bei mir war's so:
Hatte Update auf unstable gemacht, weil ich auch 4.0.x haben wollte, aber 3.3.6 war ja noch drauf.
Das musste ich erst explizit deinstallieren, und dann 4.0.x nochmal installieren, dann ging alles.
versuch nochmal
# grep "6 Ve" /var/log/XFree86.0.log
Und XFree86 4.0.x benutzt unter Debian auf jeden Fall die /etc/X11/XF86Config-4, nicht die /etc/X11/XF86Config.
Die Config, die du gepostet hattest, war definitiv eine von Config von XFree86 3.3.x. Unter XFree86 4.0.x kann man auch nicht XF86Setup benutzen, soweit ich weiß, da das Programm noch nicht angepasst ist, xf86config funktioniert aber.
Schau die auch nochmal alle Zeilen der /var/log/XFree86.0.log an, ob da noch irgendwelche Infos/Fehlermeldungen gegeben werden. Vielleicht suchen wir ja nach dem falschen Fehler, sozusagen.