Hi!
Ich habe mich gerade heute hierfür (Link) in meinem Thunderbird umgesehen und auch eine Googlesuchen gestartet, die dann Hilfeseiten für Thunderbird gefunden haben.
Wenn man in der Ordnerleiste mit der rechten Maustaste auf einen Ordner klickt, dann kann man den Eigenschaften-Dialog dieses Ordners aufrufen. Auf der ersten Seite des Dialogs ("Allgemein") findet man Unten den Punkt über die "Zusammenfassungsdatei". Dort gibt es den Button "Reparieren".
Mir scheint das die Indexdatei des Ordners zu sein, die den Index aus den Mails neu aufbaut. Der Index dürfte dabei die Betreffzeile und einige andere Kopfdaten beinhalten. Deine Beschreibung klingt nach einer falschen Sortierung. Ich kann mir daher vorstellen, dass bei dir der Index beschädigt ist.
Eine Googlesuche bringt da einige hilfreiche Fundstellen: Link
Bis dann
Andreas