Cable Select funktioniert inzwischen eigentlich zuverlässig und dann hängt es nur von der Position am IDE-Kabel ab, als was die Festplatte erkannt wird. Am Ende des IDE-Kabels ist sie dann Master.
Wie Du partitionierst, sollte von Deiner Backupmethode abhängen. Du kannst - mit ein paar kleineren Umständen (Partition aktiv setzen und fdisk /mbr) - auch direkt vom Klon der C-Partition starten (im Bios die Bootplatte entsprechend festlegen), wenn Du die Partition Bit für Bit sektorenweise hardwarenahe kopierst. Solche Kopien kümmern sich nicht um Dateisysteme und Betriebssysteme und damit kann man auch Dateien mit zu langem Pfad oder fehlerhaften Namen kopieren; vor allem bleibt ein Backup nicht an solchen Stellen hängen. Aber für Betriebssystempartitionen brauchst Du eine Primäre Partition.
Die neue c't 24/2007 (Computertechnik, Heise-Verlag), die ab Montag an den Kiosken ist, enthält auf einer Software-CD Systemtools, auch eins zum Kopieren.
Ich würde mir auch eine ISO der Ultimate Boot CD runterladen, da ist z.B. das unverzichtbare Tool testdisk dabei.
Ich gehe mal bei Deinen gemischten System davon aus, dass es älter ist und nur auf SATA1 läuft (befehlskonform zu PATA) und die alten Tools damit noch laufen.
Datenpartitionen sollten eigentlich als Logische Partitionen vorliegen und sollten auf Logische Partitionen kopiert werden.
Ja, im Allgemeinen trennt man Betriebssystempartition (inkl. installierte Software) und Datenpartitionen und leitet die Daten von der C-Partition auf andere Partitionen um. Z.B. Desktop, Eigene Dateien per Rechtsklick, Eigenschaften, Ziel. Ansonsten (E-Mails usw.) wird das Speicherziel in den Anwendungen geändert.