Tut mir leid, wenn ich nicht gleich zum eigentlichen Thema komme, aber erst mal muss die Frage geklärt werden, wie die Festplatten zusammengeschaltet sind, das spielt bei allen Veränderungen eine Rolle.
Wer hat denn den Computer zusammengebaut und eingerichtet?
Was Du da schreibst klingt nach einem RAID-System Level 1.
http://www.pc-erfahrung.de/Index.html?Raid.html
Ich habe selber noch nie RAID aufgebaut, aber soweit ich weiß nimmt man da die zweite Festplatte unpartitioniert und unformatiert in Betrieb, alle Schreibaufgaben für die zweite Platte erledigt der RAID-Controler einschließlich der Einrichtung der Platte. Es wird halt alles gespiegelt.
Damit wären wir beim ersten Punkt, spiegeln taugt NICHT als Backup, ein Bedienungsfehler oder Virus würde auch gleich alles auf die 2-te Festplatten übertragen, d.h. die Daten vernichten.
Datensicherung ist aber der springende Punkt, wenn die Platte umorganisiert werden soll; hier melden sich dauernd Leute die alle ihre Daten dabei verlieren.
Das Umorganisieren der Festplatte macht man mit der Software PartitionMagic...unbedingt die aktuelle Version 8. Notfalldisketten erstellen.
Die Sache ist simpel, übersichtlich und selbsterklärend. Man verkleinert eine Partition weiter hinten, verschiebt dazwischenliegende Partitionen und vergrößert dann z.B. die C-Partition. In der Regel ohne Datenverlust...jedenfalls wenn man den langwierigen Vorgang nicht unterbricht (auch kein Stromausfall) und wenn man vorher defragmentiert hat (danach tut man's auch!).
Die komplizierteren Aktionen von PartitionMagic, wie das Zusammenführen von Partitionen gelten allerdings als riskant. Das Arbeiten mittels DOS-Disketten gilt als sicherer; wenn Windows fehlerhaft runterfährt um DOS zu starten, dann läuft ev. der PartitionMagic Batch-Job fehlerhaft. Das umgeht man indem man einfach mit DOS-Startdiskette startet.
Falls Du Partitionen verkleinerst und neue Partitionen hinzufügst, ändern sich Laufwerksbuchstaben und ev. passen Pfadangaben und Pfadangaben in der Registry nicht mehr, gerade weil Du ja nicht alle Programme auf C installierst. PartitionMagic hat ein Programm zur Anpassung von Pfadangaben, das ist der wesentliche Unterschied zu anderen ähnlichen Programmen...deshalb muss man diesen Aspekt erwähnen. Ich würde kein anderes Programm wählen.
Zurück zum S-ATA-Controler Deiner Festplatten. S-ATA-Controler werden häufig als Onboard-Lösungen aufs Mainboard eingebaut. Mein Mainboard hat z.B. so einen Controler der sich normal nutzen lässt (wie ein herkömmlicher IDE-Festplattencontroler) oder als RAID 0. Die Einstellungen werden im Bios vorgenommen. Dir würde ich wirklich empfehlen aufs Mirroring (Level 1) zu verzichten und die zweite Festplatte normal im Bios einzustellen und für ein normales Backup zu nutzen. Dann geht auch der Einsatz von PartitionMagic problemlos.
Du partitionierst die zweite Festplatten mit Hilfe von PartitionMagic exakt genaus so wie die erste! Als Backup-Methode würde ich DriveImage vorschlagen, Version 5 gibt es hin und wieder auf Computerzeitschriften-CDs für lau + Registrierung (irgendwer wird es haben). Sie hat den Nachteil, dass man mit NTFS-Dateisystem nur Kopien auf exakt gleich große Partitionen hinbekommt. Man nimmt die DOS-Methode "Von Datenträger zu Datenträger". Partitionen sind in diesem Sinne Datenträger.