Prophet war in Teil 1 Mitglied von Raptor Team, einer aus 5 Personen bestehenden Spezialeinheit, von denen alle einen Nanosuit tragen. Außerdem gibt es noch Eagle Team, das ist aber nicht so wichtig. Zwei Mitglieder von Raptor Team sterben innerhalb der ersten Mission, Codenamen "Aztec" und "Jester". Man selbst spielte als "Nomad" und in Crysis Warhead als "Psycho". Prophet war Squadleader. Man geht also auf die fiktiven Lingshan-Inseln (Nordkorea) um eine Gruppe von Archäologen zu finden, zu denen der Kontakt abgebrochen war. Kurz davor hatten diese von einer unglaublichen Entdeckung berichtet. Prophet wird im Verlauf des spiels von einer mysteriösen fliegenden Kreatur gegriffen und weggetragen. Diese entpuppte sich später als Alien. Nachdem Nomad die Archäologen aus koreanischer Gefangenschaft befreit, durchforscht er ein Höhlensystem im Berg, in dem die Forscher zugange waren. Dort begegnet er zum ersten mal den "echten" Aliens. Später taucht Prophet wider erwarten wieder auf und scheint die Vorgehensweisen, die gegen die Aliens notwendig sind, zu verstehen. Nach einem Bosskampf am Ende entschließt sich der Rest von Raptor Team, zum Berg der Aliens zurückzufliegen. Was dabei passiert ist unklar, dort herrscht eine Lücke zwischen Teil 1 und 2.
In Teil 2 also breitet sich mit den Aliens ein Virus in New York aus, den Prophet mit Dr. Nathan Gould zu bekämpfen sucht. Gegen die Aliens erhofft er sich von den Marines Unterstützung. Von diesen sterben aber fast alle. Prophet übergibt Alcatraz den Nanosuit, da er vom Virus infiziert ist. Danach tötet er sich.
Die Soldaten, die dich töten wollen, gehören zu C.E.L.L., einer privaten Security-Einheit von CryNet Systems, den Entwicklern der Nanosuit. Der Vorstand von CryNet wird gebildet aus Jacob Hargreave. Dieser hatte anscheinend die Geschehnisse auf Lingshan angezettelt, da er von der Existenz der Aliens wusste und wissen wollte, was der Nanosuit gegen diese ausrichten könnte. Als Prophet davon erfährt, klaut er sich die verbesserte Version des Nanosuit, den Nanosuit 2. Deswegen ist CryNet so scharf darauf, dich umzubringen. Später aber will Hargreave genau Prophets (Alcatraz') Anzug selbst haben und fürchtet Beschädigungen am Nanosuit. Er befiehlt C.E.L.L. Commander Lockhart, die Angriffe einzustellen, doch dieser handelt daraufhin selbstständig, aus Wut um den Verlust seiner vielen Männer.
Weiter will ich mal nicht erzählen. Viel Spaß noch mit dem Spiel, auch wenn du's wahrscheinlich schon durch hast ;D