Ich benutze Sandboxie manchmal, um heruntergeladene KeyGens in isolierter Umgebung zu testen. Das Programm ist sozusagen eine "kleine Virtualisierungslösung". Man startet nur einzelne Programme in virtueller Umgebung, statt beispielsweise mit VirtualBox gleich ein komplettes virtuelles Betriebssystem aufzusetzen.
Cookies sind - wie cscherwinski schon sagte - eigentlich harmlos, im schlimmsten Fall lästig. Webseitenbetreiber legen die auf Deinem Computer ab, um Dich beim nächsten Besuch wiederzuerkennen. Beispielsweise um Dir das Einloggen zu erleichtern/zu ersparen oder um Dir passende Inhalte anzubieten.
Kurz gesagt: Sandboxie ist sinnvoll, kostet aber ein paar Ressourcen, da es sich ins Autostartmenü einträgt und als Dienst im Hintergrund läuft.