Falls Du noch an die Negative rankommst, solltest Du über die Möglichkeit nachdenken, eine Foto-CD fertigen zu lassen - die Angelegenheit wird recht zeitaufwändig.
Falls dem nicht so ist, kann ich die Tipps der Kollegen bestätigen.
Selbst bei der (ziemlich schlechten) Software meines billigen Aldi-Scanners ist es möglich, alle auf dem DIN A4 großen Abtastfeld abgelegten Bilder einzuscannen und in separate Dateien abzuspeichern. Hierbei ist aber für jedes Bild ein separater Scanvorgang nötig...., ebenso ging es beim AGFA 1212u (schnüff...viel zu früh Produktion eingestellt)
Aber das dauert....
Zeitsparend ist da m.E. mit marktüblichen und finanzierbaren Scannern wenig zu machen - ähnlich verhält es sich ja auch mit Dias.
Falls Du keine allzuhohen qualitativen Ansprüche hast, empfehle ich Dir folgende Vorgehensweise:
Du legst das ganze Abtastfeld des Scanners dicht an dicht mit (etwa gleich hellen/farbigen/tönigen) Bildern aus und scannst es als Gesamtbild mit möglichst hoher Auflösung ein und speicherst es in einem geeigneten Format ohne Qualitätsverlust ab..
Danach kannst Du mit einem entsprechenden Grafikprogram (z.B. PaintShop etc.) die einzelnen Bilder ausschneiden und als eigene Grafik speichern.
Ich denke, dass man bei dieser Vorgehensweise die Sache in akzeptabler Zeit über die Bühne bekommt.