Das kann man eigentlich gar nicht. Alle Adobe-Progs (meine ich) merken sich Lage und Position der Fenster automatisch beim Beenden des Proggis. Beim nächsten Start werden diese Einstellungen dann wieder verwendet. Dein Problem sollte demzufolge eigentlich überhaupt nicht auftreten können. Meine ganzen Adobe-Progs funktionieren jedenfalls so.
Du mußt Deinen Illustrator dann wohl überlisten. Grobes Schema: Fenster, Toll-Leisten etc so positionieren, wie Du es willst, dann mit einem Dateimanager die ja just gerade eben geänderten Präferenzendateien (dazu im Dateimanager sortieren nach Datum bzw. Uhrzeit einstellen) suchen und sie an einen "ungefährlichen" Ort hinkopieren. Dann eine kurze Batchdatei schreiben, die vor dem Start des Illustrator diese gesicherten Präferenzendateien wieder an ihren ursprünglichen Ort zurückkopieren, sodaß das danach auch von der Batchdatei aus gestartete Illustrator-Programm diese vorfindet in der Form, die Du haben willst. Der Illustrator wird dann über einen Link auf diese Batchdatei aufgerufen und nicht mehr direkt. Mit einem anderen Programm habe ich das früher unter NT4 schon leidlich jedesmal auch so gemacht, das funktionierte einwandfrei. Man darf dabei nur nicht vergessen, die Präferenzen nochmal zu wegzukopieren, um die neuen Anstellungen zu verwenden.
Problem 1 dabei: ich kenne leider die exakten Dateinamen nicht (deswegen sortieren nach Datum & Uhrzeit...)
Problem 2: dito auch der genaue Speicherort. Ist aber entweder im Ordner, in dem auch die Illustrator.exe Datei ist oder im Plug-Ins-Unterordner oder im Profileordner unter "Anwendungsdaten - Adobe - Illustrator" - würde ich mal raten.
Probier´s mal so. Könnte klappen.