Kauf dir für 10 Euro ein Diskettenlaufwerk und bau es ein. Ein Rechner ohne Floppy ist ein kastrierter Rechner. Man kann das Teil manchmal doch noch ganz gut brauchen!
Noch was zu deiner Aussage: Mit dem Tool "s0kill" kann man keine Festplatte formatieren, mit dem Tool löscht du nur die Spur 0 der Festplatte. Formatieren musst du im Anschluss erst noch machen. Zuerst solltest du mit fdisk deine Platte einteilen (partitionieren), anschließend musst du die noch formatieren (ist bei Win98 zwingend vor der Installation notwendig - bei W2K und WinXP kannst du das auch während der Installation machen - , ansonsten kannst du kein System aufspielen).
Je nachdem, was für eine Win98-Version du hast, ist die entsprechende CD sogar bootbar (Win98SE), da könntest du das alles ohne Diskette machen. Allerdings gebe ich dir hier trotzdem nochmals den Rat, dir ein Diskettenlaufwerk zuzulegen. Es schadet nicht, und die paar Euronen wirst du doch wohl noch übrig haben.
Gruß