Es darf auf einem Computer nur ein aktives Betriebssytem geben. Win98 läuft nur auf der ersten Festplatte; es gibt aber auch manche Bootmanager oder Tricks das zu umgehen.
Wenn Du ein zweites Windows - etwa zum Experimentieren - installieren willst, dann darfst Du Deine Windows-Partitionen nicht zu groß machen, d.h. nicht unbedingt alle Daten und Anwendungen in die C-Partition installieren. Du machst z.B. zwei 2000MB-Partitionen (Primäre P.) am Plattenanfang (erstellst Du mit PartitionMagic) und kopierst mit DriveImage unter DOS "Von Datenträger zu Datenträger" (Partitionen sind "Datenträger") diese Partition auf die zweite Partition. Nun erlaubt ParitionMagic Partitionen zu verstecken (sie haben dann keinen Laufwerksbuchstaben) und die jeweils andere "Aktiv" zu setzen. Auf einer dritten Partition können sich Daten befinden und auch unkomplizierte Programme die von beiden Betriebssystemen genutzt werden. Ich nutze so meine Norton-Programme, während es möglich, aber nicht ratsam ist, Office auszulagern. Bevor Du zusätzliche Partitionen erstellst, solltest Du Deine CD-Laufwerke ans Ende des Alfabets setzen (X, Z) (Gerätemanager, Einstellungen) und mit DriveMapper (in PartitionMagic) die Pfade in der Registry anpassen lassen. Zusätzliche Partitionen stören dann den Pfadverlauf nicht mehr. Du kannst max 3 Primäre Partitionen einrichten und eine Erweiterte Partition (ist auch ein Primäre Partition). Die Erweiterte Partition dient als CContainer für weitere Logische Partitionen. Man kann die Erweiterte Partition nicht direkt erstellen, sie wird automatisch erstellt, wenn Du Logische Partitionen einrichtest.
Du solltest unbedingt die Partitionstabelle sichern:
Partitionstabellen der ersten Festplatte sichern mit ped.exe, zu finden auf dieser Internetseite (Programmsammlung):
http://home.t-online.de/home/SigiBader/download.html
Das ped.exe-Programm spielt man am besten auf eine Win98 bzw. DOS-Startdiskette auf (soviel Platz ist da noch).
Achtung bei der Reparatur, erst fdisk /mbr (bzw. entsprechendes Tool für WinXP) durchführen, dann die Sicherung aufspielen.
Im MBR werden nur die Einträge der Primären Partitionen gesichert!
Du kannst natürlich Deine Betriebssystempartition (und andere Partitionen) auf eine zweite Festplatte spiegeln (Backup). Wenn Du mit der Platte auf neue Hardware umziehen willst, geht das aber nicht mit der bestehenden Registry. Dann wird MS-Backup (NT-Backup) interessant (liegt Windows bei).
Ich denke es sind soviel Fachbegriffe gefallen, dass Du tatsächlich auch mit Google weiterkommst.
Von PartitionMagic und DriveImage unbedingt die DOS-Disketten erstellen, Du wirst sie noch brauchen. PartitionMagic und DriveImage: Da sind ältere Versionen oft besser und billig über Computerzeitschrift-CD zu bekommen. Es sind gute deutsche Handbücher als PDF dabei. Vorsicht falls Du mal auf WinXP umsteigst, bei komplizierten Aktionen verliert PartitionMagic oft NTFS-Partitionen.