Hast Du Dir von den Systemdateien eine Sicherung gemacht (system.dat, user.dat, system.ini und win.ini) ? Wenn ja, kannst Du im DOS-Modus booten, mit attrib -h -r -s C:\windows\*.* den Schreibschutz von den Originaldateien entfernen und die alten drüberbügeln.
Wenn Du seitdem nicht oft gestartet hast (was ich bezweifle *g*), findest Du im Ordner Windows\System32\sysbackup mehrere CAB-Dateien (*.cab), die Deine Sicherung zu verschieden Zeitpunkten enthalten (Dateidatum). Im Dos-Modus kannst Du mit scanreg /restore diese Sicherung zurückspielen.
Wenn das alles nichts hilft - Neuinstallation. Mach Dir dann aber von Deinem neuen System, so es denn funktioniert, eine Sicherung, um bei einer Fehlinstallation den Originalzustand wieder herstellen zu können. Ich spreche auch aus leidvoller Erfahrung.
Vorher: Installation WIN98SE mit dazugehörigen Programmen ca. 3 Std.
Nachher: Partition mit DrivImage zurückgespielt ca. 5 min, Restarbeit 15 min
Also: regelmäßig Images von C: ziehen und wegsichern, alle änderbaren Dateien (Eigene Dateien) auf D: auslagern.
Gruß
Asgarond