Ohne Problem und angeschlagenes Windows ist wohl etwas utopisch. Bei meinem Windows98 (First Edition) kann man eine Reparaturinstallation machen und wenn noch alle Treiber und Programme intakt waren, tauchen dabei meist keine Probleme auf. Ansonsten geht es ans Löschen und Nachinstallieren, ev. startet der PC nur abgesichert. Nun musst Du mal nachschauen, ob Du auf Deiner Windows-CD folgende Datei findest: Tools\sysrec\recover.txt. Eine gute Idee ist es vorher ein Vollbackup zu machen. Aber ich weiß nicht, ob bei WinSE noch MS-Backup dabei ist (zum Nachinstallieren).
Wenn Windows instabil wird, hat es ev. mit fehlenden oder unglücklich upgedateten Systemdateien zu tun. Bist Du denn mit der Systemdateienprüfung vertraut? Die bringt man allerdings zuerst bei noch funktionierendem System auf den neuesten Stand und auch hier ist ein Backup nützlich, um an Dateien zu kommen, die es nicht auf der Windows-CD gibt.