Funktioniert denn das Booten nach DOS? Wenn Du also beim Rechnerstart (sobald die Zeile *Windows98 wird gestartet* erscheint) F8 drückst, um das Bootmenü aufzurufen, und da dann *Nur Eingabeaufforderung* auswählst, funktioniert das?
Der Punkt *Im MS-DOS-Modus neu starten* beim Beenden von Windows ist mißverständlich formuliert. Tatsächlich wird da der Rechner eben nicht neu gestartet, stattdessen zunächst die normale Routine zum Beenden von Windows eingeleitet, dann aber verzweigt und ganz am Ende die DOSSTART.BAT ausgeführt (findet sich im Windows-Verzeichnis). In dieser Batch tragen sich z.B. gern Soundkarten ein oder auch Maustreiber - jede Menge Geräte jedenfalls, die Ärger machen können (vor allem dann, wenn Win9x Interrupts und andere Ressourcen anders verteilt als das Rechner-BIOS). Ich tippe bei Dir eher auf sowas.
CU
joschi